表观基因组介绍
表观基因组介绍
1. DNA
| 5mC (5-methylcytosine) | 6mA (6-Methyladenine) |
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| 基因表达调控, 染色体失活, 等位基因, 印记基因, 胚胎发育, 细胞全能性, 癌症. |
1, 细菌防御机制. 2, 环境压力, 胚胎发育. |
案例:
1. 果蝇
PRE (polycomb response element): 招募组蛋白, H3K27me3, 而达到抑制表达效果
细胞印记: 在果蝇发育转录因子会调节某些蛋白表达, 并甲基化作为记号. 后期, 转录因子不在表达, 有甲基化的记号的基因, 继续表达.
2. 开放染色质区, 于调节蛋白结合, 从而调控表达
MEISI, HOXA9, PUI
2. RNA
m6A: 基因表达, 可变剪切, mRNA寿命, 影响翻译
m5A
3. 液体活检的应用
cfDNA Methylation 在癌症患者中普遍低
通过血液中的 cfDNA Methylation 值, 来逆推器官Methylation 值
4. 发育
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| Hongshan Gou et al. The DNA methylation landscape of human early embryos. Nature. 2014; 511 | Stubbs et al. Multi-tissue DNA methylation age predictor in mouse. Genome Biology. 2017; 18:68. |
5. 神经
羟甲基化: 脑部, 神经
6. 测序原理
重亚硫酸盐测序基本原理
| WGBS | RRBC |
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| 随机打碎, 全基因组测序 | 酶切富集, 高CG区 |
氧化-重亚硫酸盐测序
转座酶已接近染色质测序
Tn5 转座酶, 接切割富集基因组开放部分(没有与组蛋白结合的DNA)
