用R语言来指导实验
我居然用R语言来指导实验点样顺序和位置
96孔板大家都熟悉吧,
如果样孔都一样量, 用排枪, 刷刷刷的, 就结束了, 超级方便.
可是就怕, 不同孔, 不同样本, 还不同的量. 这就, 非常恼火了.
加的慢不说, 还容易搞错, 加到, 怀疑人生
事情是这样子的。
入职了一家测序公司, 在测序之前, BDT反应要根据客户模板的个人情况点样.
可是, 客户多, 且杂, 所以我就要
- 不同客户模板
- 引物浓度不一样
- 有的单个样本重复使用, 用不同引物测
- 有很多通用引物, 前后都用
- 更具不同引物, 加不同浓度对应的水
一开始, 我想象着, 一个高级的, AR交互软件, 告诉你哪个孔加哪个样, 加多少, 然后判断是否已完成.
算了, 还是想想把… 那, 普通交互软件, 开始加水, 点一软件, 同浓度水的样孔, 高亮显示? 可是我不会呀, 用QT? TK? 好像可以, 可是没有项目经验呀…
最后, 好吧, 用R语言画图吧. 96孔板是吧, 热图正好.
(理想很丰满, 显示很骨感 = =)
公司的系统还是不错的, 点样可以直接导出excel表格. 因此, 直接用library(readxl) 读取excel.
画图, 就用pheatmap, 简单方便.
中文字体库, 用 library(showtext)
格式由于涉密, 就不展示出来了.
看看处理结果把:
让我们来看图吧
第一步, 加水:
像这样, 根据对应高亮孔, 加2ul水, 就好
第二步, 引物:
最开始就用觉得引物太麻烦, 想这个样子, 前面用了, 后面还要用. 对照打印的表格来看, 就太麻烦了. 现在, 在加 B9 的时候, 就可以很明显的发现, C 也需要也需要加, 并且, D 也需要. 这就减少了, 重复找一个通用引物的麻烦
第三步, 模板:
有时候, 模板前后都得加, 比如第一个在 A 行, 第二次加就跳到 E 行, 有这个图, 就会方便很多
总结:
优点: 清楚明了, 防止前后重复找一个东西.
还是蛮有意思的. 有了这个小脚本, 我的加样时间, 大大缩短了.
缺点: 一次生成图片太多… 样本乱的时候, 可以生成上百张图片. 每次手动翻下一张图片, 还是不方便的.
